In einer fachärztlichen Praxis für Psychiatrie oder Psychosomatische Medizin sind – genauso wie in einer psychiatrischen Institutsambulanz (PIA) – eine diagnostische Einschätzung im Hinblick auf das Vorliegen einer Geschlechtsinkongruenz und die differenzialdiagnostische Abklärung von psychischen Störungen möglich. In der fachärztlichen Praxis oder in einer psychiatrischen Institutsambulanz kann festgestellt werden, ob die diagnostischen Kriterien einer ICD-10-Diagnose erfüllt sind, die zu einer Kostenübernahme von geschlechtsangleichenden Behandlungen erforderlich ist.

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Bei begleitenden psychischen Störungen (z. B. bei Depressionen, Angststörungen etc.) ist eine entsprechende Behandlung in Form von Beratungen, verbalen Interventionen (zielgerichteten Gespräche zur Linderung von Beschwerden) oder die Verordnung von Psychopharmaka möglich. Im Bedarfsfall kann auch die Indikation für eine geschlechtsangleichende Hormonbehandlung gestellt werden.

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Die Konsultation einer fachärztlichen Praxis stellt keine Psychotherapie im Sinne der gesetzlichen Krankenkassen (Richtlinien-Psychotherapie) dar. Die Beratungstermine sind in der Regel kürzer. Die Behandlung erfolgt nicht mit regelmäßigen Terminen, sondern bedarfsabhängig. Im Gegensatz zur Richtlinien-Psychotherapie ist die fachärztliche Behandlung nicht antragspflichtig. Sie kann also jederzeit in Anspruch genommen werden. Dies gilt insbesondere für Kriseninterventionen.

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Für Jugendliche wird die psychiatrische Behandlung in der Regel von Fachärzt:innen für Kinder- und Jugendpsychiatrie und Psychotherapie übernommen.

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In der Begutachtungsanleitung (BGA) „Geschlechtsangleichende Maßnahmen bei Transsexualismus“ des Medizinischen Dienstes Bund vom 31.08.2020 wird ausgeführt, dass neben einer Richtlinien-Psychotherapie auch andere Behandlungssettings zu einer Kostenübernahme von geschlechtsangleichenden Behandlungen führen können. Hierzu zählen die Behandlung in einer psychiatrischen Institutsambulanz (PIA), die supervidierte Psychotherapie in einem Ausbildungsinstitut, regelmäßige Vorstellungen in einer Hochschulambulanz und auch die psychiatrische oder psychosomatische Facharztbehandlung. Allerdings muss die fachärztliche Behandlung mindestens den Umfang einer Richtlinien-Psychotherapie (12 x 50 Minuten über 6 Monate vor Einleitung einer Hormontherapie bzw. über 12 Monate vor Einleitung einer geschlechtsangleichenden Operation) umfassen.

Der von der BGA vorgegebene Behandlungsumfang ist hoch, so dass es angesichts der begrenzten Kapazitäten von Facharztpraxen schwer realisierbar ist, die Kostenzusage für geschlechtsangleichende Behandlungen auf diesem Weg innerhalb eines vertretbaren Zeitraums zu erwirken. Aus diesem Grund bleibt die Richtlinien-Psychotherapie die vorrangige Option für den Großteil der Behandlungssuchenden, die geschlechtsangleichende Behandlungen benötigen.